Milla llevaba a cabo una labor de defensa de derechos humanos en la diócesis de Copán, fronteriza con El Salvador. Su trabajo a favor de los pobres y en contra de la represión militar le convirtió en un virtual prisionero en su parroquia de Corquín, en el departamento de Lempira, sin que hubiera cometido delito alguno: "tenía la ciudad como cárcel", aseveró.
Entre otras acciones que molestaron a los militares, Milla destacó la denuncia de la masacre del Río Sumpul del 14 de mayo de 1980, cuando contingentes militares salvadoreños dieron muerte deliberadamente a un número no inferior a trescientas personas no combatientes, inclusive mujeres y niños, que intentaban cruzar el Río Sumpul para huir hacia Honduras. La masacre se hizo posible como consecuencia de la cooperación de las Fuerzas Armadas hondureñas, que impidieron el paso de los pobladores salvadoreños.
Obispo Rodríguez Maradiaga, cómplice de los militares
En sus declaraciones al momento de exiliarse, Milla denunció al coronel Oscar Armando Mejía Peralta, jefe del XII Batallón de Santa Rosa, como el principal responsable "de la represión desatada contra mi persona, así como contra otros agentes de la pastoral de la Iglesia". Milla también denunció la complicidad con el ejército del actual cardenal Rodríguez Madariaga, que por entonces era obispo de la Diócesis de Copán: fue "cómplice de todo lo que los militares nos hacen", afirmó.
El sacerdote exiliado acusó a Rodríguez de haber desmantelado toda la estructura de apoyo pastoral a los pobres y de lucha contra la represión que había favorecido su predecesor en el cargo, monseñor Jose Carranza. "Mi obispo más parece un coronel sin charretera, que un pastor", sentenció, para luego concluir con una dura acusación: "Lo que uno no se explica es que nuestros jerarcas superiores, que firmaron documentos como el de Puebla, vengan a ponerse al lado de quienes ese documento de la iglesia condena por ser los interesados en mantener el régimen de la seguridad nacional que significa inseguridad para toda la población y solo seguridad para los dineros que ellos acumulan".
Apoyo al golpe de Estado de Micheletti
El actual Cardenal Rodríguez, a quien se le atribuye una presunta tendencia "progresista", fue candidato a sustituir al fallecido papa de la Iglesia Católica, Juan Pablo II.
Informaciones de prensa hondureña destacaron que Rodríguez participó en reuniones que tuvieron lugar en Tegicigalpa en los días previos al golpe de Estado del pasado 28 de junio de 2009 que derrocó al presidente Zelaya, a las que asistieron las autoridades del parlamento y la Corte Suprema, así como el embajador estadounidense, Hugo Llorens, y otros personeros del Departamento de Estado de los EEUU de América del Norte.
Pocos días después del golpe, Rodríguez compareció ante los medios de comunicación radiotelevisiva, a través de una cadena nacional en la que leyó un comunicado de la Conferencia Episcopal hondureña, en el que se avala el Golpe de Estado. En dicha comparecencia, Rodríguez señaló que era inconveniente que el Presidente constitucional Zelaya regresara al país, y que su presencia en Honduras podría desatar un baño de sangre. Posteriormente, ha asegurado en declaraciones al diario Clarín de Argentina que él nunca avaló el golpe de Estado, aunque ha insistido en que Zelaya no debe regresar al país.
